남종삼 요한은 충주지방에서 태어나 22세때 문과 에 급제하여 승지가 되었으나 관직에 있으면서도 신앙생활을 계속하여 왔다.그러나, 나라의 공식적인 의 식에는 교리에 지나친 조상숭배 행위에 참가해야 했으므로 많은 어려움을 겪어야 했다.
그러던 중 관직을 떠나 가정으로 돌아와 집안을 보살피며 신앙생활에 열중하고 외국신부들에게 한국말을 가르쳐 주기도 하였다.
1863년에 생활의 궁핍으 로 다시 승지의 관직에 일하게 되었고, 천주교에 반대하던 대신들이 박해를 탄원하자 1866년 천주 교 박해령이 내렸다.
남 요한 역시 체포되어 1866 년 3월 7일 서소문 밖 네거리에서 홍봉주와 같이 참수형을 당하여 순교하였다.